布魯克APEX3-IDEAL更好的數據，更好的結構精修方法

 

  新一代的D8QUEST/VENTURE配備了更強的光源，更靈敏，更大的探測器，讓我們能夠更高效地收集更高分辨率的數據。晶體數據分辨率的提高，讓我們能夠更清晰地看到原子世界的奧秘，比如成鍵電子，孤對電子等。

 

  然而50多年來(lái)，我們使用的結構精修方法，采用的是獨立原子模型（Independent Atom Model, IAM），無(wú)法完美地描述真實(shí)的電子云形狀。因而對于高分辨率的數據，IAM結構精修方法反而會(huì )導致更高的R1值。為此，很多時(shí)候為了發(fā)表文章，或者迎合checkcif，我們只好忍痛去截斷分辨率，白白浪費了很多非常有意義的數據。

 

  而現在，Bruker新的APEX3軟件開(kāi)發(fā)了IDEAL結構精修方法，在IAM的結構精修的基礎上，可以將成鍵電子以及孤對電子的貢獻加入到結構模型之中，從而獲得更真實(shí)，更佳質(zhì)量的晶體結構。

 

 ▲Fig.1 IAM 結構模型下的殘余電子密度

 

獨立原子模型（IAM） VS 多極結構模型（MM）

 

獨立原子模型

原子被認為相互之間是獨立的

原子的位置以及位移參數僅能夠計算正確晶格位置的原子類(lèi)型以及占有率

IAM沒(méi)有考慮到原子間的區域

IAM沒(méi)有描述成鍵，孤對電子，電荷，電荷轉移的效應

 

多極模型

MM方法模擬了原子間區域，重要的特征：化學(xué)鍵

它將總電荷密度分配給球諧函數，即所謂的多極

比如原子間向量上的偶極子可以解釋鍵電荷密度

 

 

 ▲Fig.2 IAM VS MM

 

APEX3-IDEAL，更好的結構精修方法

 

  為了更好地精修高分辨率的數據，新的APEX3軟件，開(kāi)發(fā)了更完美的結構精修方法IDEAL(Invariom Derived Electron AnaLysis)。簡(jiǎn)潔，智能的軟件界面，讓我們能夠更好地修正高分辨率的數據，從而獲得更精細的結構信息。APEX3*的XL程序可以直接調用IDEAL，精修結果和Checkcif*兼容。

 

 ▲ APEX3 Refinement

 

IDEAL結構精修舉例

 

 

 

 ▲Fig.4 Examples of IDEAL Refinement Results